Nämnderna består av folkvalda politiker och förvaltningarna av anställd personal. Förvaltningarnas uppgift är att planera och genomföra det som politikerna fattar beslut om.
Inom den kommunala organisationen finns också bolag, kommunrevision, en överförmyndarnämnd, en valnämnd och en upphandlingsnämnd.
Varje bolag har en styrelse som delvis består av politiker.
Valnämndens uppgift är att på lokal nivå ansvara för genomförandet av val till bland annat kommun, riksdag och landsting.
Kommunrevisionen består av förtroendevalda revisorer som granskar om kommunens verksamhet sköts på ett ändamålsenligt, effektiv och säkert sätt samt om räkenskaperna är rättvisande.
Överförmyndarnämndens huvuduppgift är att utöva tillsyn och kontroll över förmynderskap, godmanskap och förvaltarskap. Fem kommuner på Södertörn har slagit ihop sina överförmyndarverksamheter och har bildat Södertörns överförmyndarnämnd. Verksamheten ligger i Haninge.
Kommunerna i Nynäshamn och Haninge bildade från oktober 2012 en ny gemensam upphandlingsorganisation och inrättade en gemensam nämnd för samverkan inom upphandlingsverksamheterna - Södertörns upphandlingsnämnd. Syftet med denna samverkan är bland annat att tillsammans stärka kommunerna som upphandlare, höja kompetensen inom verksamheten, bättre möta upphandlingslagstiftningens ökade krav och som ett resultat av detta göra ännu bättre upphandlingar.
